海口藥品監督管理局是2002年1月成立的政府行政執法部門，2004年更名為海口食品藥品監督管理局，屬省食品藥品監督管理局和市委市政府雙重管理。承擔對藥品（醫療器械）研制、生產、流通、使用全過程監管職能；核發藥品零售企業經營許可證，核發醫療器械零售企業經營許可證，市級新聞媒體藥品廣告監管，藥品零售企業信息統計，藥品零售企業業務培訓，零售企業的非處方藥、特殊藥品、醫療器械管理，藥品不良反應監測，受理投訴，日常監督檢查與執法，查處藥品和醫療器械違法行為以及上級交辦的其它任務。
    2004年，市政府同時成立了海口市食品協調委員會，下設辦公室在我局，并從我局抽調人員負責該辦公室日常工作。主要承擔食品綜合監督、組織協調和依法組織開展查處重大食品事故職能，但不代替農業、質監、工商、衛生等食品監管環節執法，是市委、市政府食品工作的“總抓手”和“參謀部”。
    按照省、市機構改革方案要求，2009年11月份，我局由省食品藥品監督管理局垂直管理單位改制為市政府管理的政府工作部門，職責是在繼續行使藥品監管職能的基礎上，增加對餐飲業、食堂等餐飲服務環節的食品行政許可和監督管理職責和保健食品、化妝品行政許可及監督管理。