2001年8月，根據《中共貴州省委、貴州省關于貴州省藥品監督管理體制改革的實施意見》精神，組建黔西南布依族苗族自治州藥品監督管理局，為貴州省食品藥品監督管理局的直屬機構，正縣級建制。
　　2004年4月，按照《中共貴州省委辦公廳、貴州省辦公廳關于貴州省機構改革的實施意見》和貴州省機構編制委員會辦公室《關于省、市、縣藥品監督管理局更名的批復》精神，黔西南州藥品監督管理局更名為黔西南州食品藥品監督管理局。
　　2010年2月，根據《中共黔西南州委州關于印發〈黔西南州機構改革的實施意見〉的通知》（州委〔2010〕15號）黔西南州食品藥品監督管理局由省以下垂直管理機構調整為州工作部門。
　　主要職責
　�。ㄒ唬┴瀼貙嵤﹪�家有關藥品、醫療器械、保健食品、化妝品和消費環節食品監督管理的法律法規和方針政策。
　　（二）負責消費環節食品衛生許可和食品監督管理。
　�。ㄈ�）組織實施消費環節食品管理規范，開展消費環節食品狀況調查和監測工作，發布與消費環節食品監管有關信息。
　　（四）依法承擔保健食品、化妝品的相關審批工作。
　　（五）負責藥品、醫療器械的行政監督和技術監督，監督實施藥品和醫療器械研制、生產、流通、使用方面的質量管理規范；指導本轄區食品藥品檢驗機構的業務工作。
　�。�六）監督實施國家藥品、醫療器械標準，組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測，執行國家基本目錄，配合有關部門實施國家基本制度，監督實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
　　（七）組織實施中藥、民族藥監督管理規范和質量標準，監督實施中藥材生產質量管理規范、中藥飲片炮制規范和中藥材品種保護制度。
　　（八）監督管理藥品、醫療器械質量，監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品及藥品類易制毒化學品和藥源性興奮劑，按有關規定發布藥品、醫療器械質量信息。
　　（九）依法組織查處消費環節食品和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等的研制、生產、流通、使用方面的違法行為。
　�。ㄊ�）監測保健食品、藥品和醫療器械產品廣告。
　�。ㄊ�一）指導全州食品藥品有關方面的監督管理、應急、稽查和信息化建設工作。
　　（十二）開展與食品藥品、醫療器械、保健食品、化妝品從業人員資格管理和教育培訓工作。
　　（十三）開展與食品藥品監督管理和保健食品、化妝品管理有關的交流與合作。
　　（十四）承辦州和上級業務部門交辦的其他事項。
　　三、內設機構
　�。ㄒ唬┺k公室。
　　負責機關文電、會務、機要、檔案、保密、統計、信訪、新聞宣傳、政務公開、應急管理、綜合治理、資產管理等制度建設、綜合協調和督促檢查工作；指導本系統信息化建設；組織開展與食品、藥品、保健食品、化妝品監督管理有關的國內外交流與合作。
　�。ǘ�）人事教育科。
　　負責局機關和直屬單位機構編制、人事管理、勞動工資、目標管理工作；組織實施藥學技術職務的申報和初審工作；制定系統人員培訓計劃；組織實施食品藥學從業人員資格管理和繼續教育培訓；承擔機關和直屬單位離退休人員的管理和服務工作；負責機關織的日常工作。
　　（三）計劃財務科。
　　負責本部門專項經費和國家、省、州投資項目經費的使用和監督工作；制定局機關和直屬單位財務管理制度并組織實施；綜合管理各類資金、資產產權和政府藥品檢測設備的采購工作；編報本部門預算、決算；負責局機關和所屬單位的撥款和資金（資產）管理與監督；負責本局行政事業性收費及罰沒收入的監督管理；執行收支兩條線原則，定期編制財務報告，進行財務活動分析；負責局機關醫療保險、住房公積金的管理，健全財務檔案。
　　（四）政策法規科 。
　　承擔規范性文件的審核和備案工作；承擔行政執法監督和聽證工作；承擔有關行政復議、行政應訴和賠償等工作；承擔食品藥品監督管理有關重大政策的調研草擬工作；組織行政執法培訓和資格管理；指導全州食品藥品監督管理機構的依法行政和法制建設。
　�。ㄎ澹┦称繁O管科。
　　承擔食品消費環節相關行政許可的管理工作；負責消費環節食品監督管理工作，監督實施消費環節食品許可和管理有關規范和標準；依法組織實施并監督指導消費環節食品的狀況調查和監測工作，會同有關部門發布監管有關工作信息；負責指導和監督全州餐飲業、食堂等消費環節食品事故的處理工作；負責消費環節食品等相關投訴等工作。
　　（六）保健食品和化妝品監管科。
　　承擔保健食品、化妝品相關行政許可的管理工作；監督實施保健食品、化妝品許可有關規范和標準；依法承擔保健食品、化妝品等相關審查工作和市場監管工作；開展保健食品、化妝品狀況調查和監測工作，會同有關部門發布監管有關工作信息；依法審查和監測保健食品、化妝品廣告；負責指導和監督全州保健食品、化妝品事故的處理工作；負責保健食品、化妝品等相關投訴工作。
　�。ㄆ撸┚C合業務科。
　　監督實施國家藥品生產標準和直接接觸藥品的包裝材料、容器產品目錄、藥用輔料、醫療機構制劑標準工作；監督實施醫療器械、體外診斷試劑的國家標準、行業標準、注冊產品標準和生產質量管理規范；執行醫療器械產品分類管理目錄。依法受理醫療器械產品、醫療機構制劑品種的注冊及醫療器械經營許可。依法監督檢查醫療器械生產、經營、使用情況；負責醫療器械有關質量的投訴工作。承擔麻醉藥品、精神藥品、毒性藥品及放射性藥品、藥品類易制毒藥品和藥源性興奮劑的監督管理工作；對依賴性濫用進行監測和信息反饋；執行國家中藥材品種保護制度，監督實施中藥材生產、藥品生產質量管理規范和中藥飲片炮制規范。
　�。ò耍┧幤肥袌霰O管科。
　　監督檢查藥品流通管理法律、法規在轄區內的執行情況；監督實施藥品經營質量管理規范；監督檢查藥品經營單位的藥品質量；負責藥品有關質量的投訴工作；負責藥品批發企業的資格初審和藥品零售企業經營許可的審批；監督執行國家基本目錄、處方藥與非處方藥分類管理制度；依法監督檢查藥品廣告的發布情況，承擔藥品互聯網服務和交易的監督管理工作，搜集反饋轄區內藥品質量信息。
　　（九）室。
　　抓好黨風廉政建設和反腐敗工作；配合局抓好《懲防綱要》的貫徹落實；負責督促檢查機關和所屬單位黨風廉政建設責任制的貫徹落實；完成州紀委局交辦的其他工作。
　�。ㄊ�）稽查局（副縣級事業單位）。
　　負責擬定消費環節食品、保健食品、化妝品及藥品、醫療器械監督管理稽查制度并組織實施；承擔藥品醫療器械使用單位的監管工作；指導和監督轄區內有關方面的稽查執法、應急管理、產品召回和案件查處工作；組織查處消費環節食品、保健食品、化妝品及藥品、醫療器械監督等有關方面的違法行為；負責轄區內消費環節食品、保健食品、化妝品及藥品和醫療器械的抽樣送檢工作。