市食品藥品監督管理局內設8個科室：
　　一、辦公室
　　負責機關文電、會務、機要、檔案、信訪、保密、財務、信息、統計、宣傳、社會治安綜合治理、后勤保障、議案建議及提案辦理、綜合性文稿起草等工作；組織開展與食品、藥品、保健食品、化妝品監督管理有關的交流與合作。
　　二、政策法規科
　　負責有關行政復議、行政應訴和賠償等工作；負責規范性文件的合法性審核、協調和備案工作；指導全市食品藥品監管機構的依法行政和法制建設工作。
　　三、食品協調科
　　負責食品源頭、食品生產加工、食品流通、餐飲消費環節的綜合監管和組織協調工作；組織實施食品監管的法規規章和標準；負責綜合協調、組織查處食品事故的工作；組織開展食品監測、風險評估和預警工作；承擔重大食品信息管理工作。
　　四、餐飲服務監管科
　　負責消費環節食品相關行政許可和監督管理工作；監督實施消費環節食品許可和有關管理規范、標準；依法組織實施并監督指導消費環節食品狀況調查和監測工作，發布與監管有關工作信息；指導和監督全市餐飲業、食堂等消費環節食品事故的處理工作。
　　五、保健食品與化妝品監管科
　　負責保健食品、化妝品相關行政許可的管理工作；監督實施保健食品、化妝品許可有關規范和標準；依法組織實施并監督指導保健食品、化妝品狀況調查和監測工作，發布與監管有關工作信息；審查和監測保健食品、化妝品廣告；指導和監督全市保健食品、化妝品事故的處理工作。
　　六、藥品市場監管科
　　監督實施藥品經營質量管理規范；依法負責藥品零售經營許可、藥品市場秩序的監督管理工作；監督實施處方藥與非處方藥分類管理；發布藥品質量公告；監測藥品廣告；依法承擔藥品互聯網信息服務和交易行為的監督管理工作；參與實施國家基本制度；負責政務服務工作。
　　七、綜合業務科
　　監督實施國家藥品標準、直接接觸藥品的包裝材料和容器產品目錄、藥用輔料、醫療機構制劑標準；組織實施中藥、民族藥監督管理和質量標準；執行國家中藥材品種保護制度和中藥材（民族藥材）地方標準及中藥飲片炮制規范；承擔全市醫療器械生產、流通、使用的監督管理工作；監督實施國家醫療器械標準；執行醫療器械產品分類管理目錄；受理醫療機構制劑品種注冊和醫療器械經營許可申請；發布醫療器械質量公告；監測醫療器械廣告；對依賴性濫用和藥品、醫療器械不良反應進行監測和信息反饋；監督實施藥品生產和醫療機構制劑質量管理規范；依法負責放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品及精神藥品等監督管理工作。
　　八、人事教育科
　　負責局機關和所屬單位的機構編制、人事、教育培訓、目標管理等工作；擬定全市食品藥品監管系統教育培訓規劃、人才隊伍建設規劃和規章制度，并會同有關部門指導實施；組織開展消費環節食品、保健食品、化妝品、藥品、醫療器械從業人員的資格管理和培訓工作；實施執業藥師資格認定制度。