辦公室（新聞宣傳科）
    負責文電、會務、機要、檔案、督查、值班等機關日常運轉工作。承擔政務公開、保密、信訪、統計、行政后勤等工作。貫徹落實食品藥品信息統一公布制度。承擔食品藥品科普宣傳、新聞和信息發布工作。負責信息化建設與管理工作。
    人事科（機關黨委）
    承擔機關和直屬單位的機構編制、人事勞資、隊伍建設和教育培訓工作。承擔執業藥師注冊初審工作。組織開展對外交流與合作。負責機關離退休人員管理服務工作，指導直屬單位離退休人員管理服務工作。負責機關和直屬單位的黨群工作。
    規劃財務科
    擬定食品藥品規劃并組織實施。承擔機關和直屬單位資金的預（決）算編制、財務管理、內部審計和政府采購工作。承擔機關和直屬單位固定資產投資申報立項和國有資產管理。承擔機關非稅收入資金收繳和會計工作。
    綜合協調科（應急管理科）
    承擔市食品委員會辦公室日常工作，以及對有關部門和縣（市、區）履行食品藥品監督管理職責的考核評價工作。承擔食品藥品統計工作，分析預測全市食品藥品總體狀況，組織開展食品藥品風險預警和風險交流。根據食品風險監測計劃，開展食品風險監測工作。
    推動食品藥品應急體系建設，組織編制應急預案并開展演練。承擔食品藥品事故應急處置和調查處理工作，監督事故查處落實情況。指導和協調各縣（市、區）食品藥品事件應急處置工作。
    政策法規科（行政審批服務辦公室）
    組織開展食品、藥品、醫療器械和化妝品監督管理政策研究及調研工作，起草規范性文件和相關政策規劃。承擔行政執法監督、行政復議、行政應訴等工作。組織開展食品藥品法律法規宣傳。組織協調查處食品藥品違法案件，指導和監督縣（市、區）稽查工作，規范行政執法行為，推動完善行政執法與刑事司法銜接機制。監督實施問題產品召回和處置。配合上級機關做好食品、藥品、醫療器械、化妝品的監督抽驗工作。組織全市做好食品、藥品、醫療器械、化妝品的監督抽驗工作。監督指導食品、藥品、醫療器械、化妝品投訴舉報工作。
    負責餐飲服務行政許可、藥品零售企業經營許可和藥品零售企業經營質量管理規范認證、第二類精神藥品零售經營資格許可、醫療用毒性藥品零售經營資格許可、麻醉藥品和類精神藥品運輸證明核發、麻醉藥品和精神藥品郵寄證明核發、境內類醫療器械產品注冊證書核發、第二類和第三類醫療器械經營許可。
    食品生產監管科
    負責食品生產環節的監督管理工作。監督實施食品生產質量管理規范。掌握分析生產環節食品形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。配合做好食品生產環節事故的應急處理工作。
    食品流通監管科
    負責食品流通環節的監督管理工作。掌握分析流通環節食品形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。配合做好食品流通環節事故的應急處理工作。
    餐飲服務監管科
    負責監督實施餐飲服務食品法律法規和管理規范。掌握分析餐飲服務食品形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。負責重大活動餐飲服務食品保障工作。配合做好餐飲服務食品事故的應急處理工作。
    藥品監管科
    負責監督實施藥品生產監督管理法律法規和中藥材生產、藥品生產、醫療機構制劑配制等質量管理規范。配合做好藥品生產和醫療機構制劑配制的許可管理工作。配合做好藥品委托生產行政許可和監督管理工作。掌握分析藥品生產形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關依法履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。承擔放射性藥品、麻醉藥品、醫療用毒性藥品及精神藥品、藥品類易制毒化學品監督管理工作。組織開展藥品不良反應監測工作。監督實施中藥飲片炮制規范、非臨床研究、臨床試驗質量管理規范，實施中藥品種保護制度。配合做好藥品生產事故的應急處理工作。
    藥品市場監管科
    負責監督實施藥品流通管理法律法規和藥品經營質量管理規范。監督實施藥品分類管理制度。負責藥品批發和藥品零售連鎖企業的許可初審。掌握分析藥品流通形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關嚴格依法實施行政許可、履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。負責互聯網藥品信息服務和交易行為的監督工作。負責藥品廣告日常監測工作。配合有關部門實施國家基本制度。配合做好藥品市場事故的應急處理工作。
    醫療器械監管科
    負責監督實施醫療器械監督管理法律法規和質量管理規范。配合做好醫療器械生產企業許可證核發和第二、三類醫療器械注冊工作。掌握分析醫療器械形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。組織開展醫療器械不良事件監測工作。負責醫療器械廣告日常監測工作。配合做好醫療器械事故的應急處理工作。
    保健食品化妝品監管科
    負責監督實施保健食品、化妝品監督管理法律法規和質量管理規范。負責保健食品生產許可初審工作。負責化妝品衛生許可初審和衛生監督管理工作。負責保健食品廣告日常監測工作。掌握分析保健食品、化妝品形勢、存在問題并提出完善制度機制和改進工作的建議，督促下級行政機關履行監督管理責任，及時發現、糾正違法和不當行為。配合做好保健食品化妝品事故的應急處理工作。
    紀檢組（室）
    負責本局的紀檢工作。