根據中共中央辦公廳、辦公廳關于印發<寧夏回族自治區機構改革方案>的通知》（廳字[2008]30號），設立自治區食品藥品監督管理局，為自治區衛生廳管理的副廳級行政機構。
　　一、職責調整
　　（一）取消國家和自治區已公布的行政審批事項。
　　（二）將食品綜合協調和組織查處食品重大事故的職責劃給自治區衛生廳。
　　（三）將擬訂食品事故應急預案并組織實施的職責劃給自治區衛生廳。
　　（四）將自治區衛生廳食品衛生許可，餐飲業、食堂等消費環節（以下稱消費環節）食品監管和保健食品、化妝品衛生監督管理的職責劃入自治區食品藥品監督管理局。
　　（五）將藥品、醫療器械的技術審評認證工作交給所屬事業單位。
　　二、主要職責
　　（一）貫徹實施有關法律、法規、規章，執行國家有關藥品、醫療器械、保健食品、化妝品和消費環節食品監督管理的方針、政策；擬訂自治區食品藥品監督管理的相關政策和工作規劃并組織實施。
　　（二）負責消費環節食品衛生許可和食品監督管理；監督實施消費環節食品管理規范；開展消費環節食品狀況調查和監測工作。
　　（三）監督實施保健食品標準和化妝品衛生標準；負責保健食品、化妝品衛生許可、衛生監督管理工作。
　　（四）負責藥品、醫療器械行政監督和技術監督；監督實施藥品和醫療器械研制、生產、流通、使用方面的質量管理規范。
　　（五）負責藥品、醫療器械注冊管理工作；監督實施國家藥品、醫療器械標準；組織開展藥品不良反應和醫療器械不良事件監測；負責藥品、醫療器械再評價和淘汰，配合有關部門實施國家基本制度；組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。
　　（六）監督實施中藥、民族藥規范和質量標準；監督實施中藥材生產質量管理規范、中藥飲片炮制規范；組織實施中藥品種保護制度。
　　（七）監督管理藥品、醫療器械質量；監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品及醫療器械。
　　（八）組織查處消費環節食品和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等的研制、生產、流通、使用方面的違法違規行為。
　　（九）實施執業藥師資格準入制度，指導、監督執業藥師注冊工作。
　　（十）承辦自治區和自治區衛生廳交辦的其他事項。
　　三、內設機構
　　根據上述職責，自治區食品藥品監督管理局設7個內設機構：
　　（一）辦公室（行政審批辦公室）。
　　負責協調和督辦機關日常工作；負責機關文電、會務、機要、檔案、統計、信息、保密、信訪、財務、政務公開和國有資產管理工作；負責行政審批的相關工作和行政復議等法律事務。
　　（二）人事與老干部處。
　　負責機關及所屬單位的人事工作和機構編制工作；負責執業藥師注冊工作；負責離退休人員的管理和服務工作。
　　（三）食品衛生監督管理處。
　　監督實施消費環節食品管理規范；承擔消費環節食品的衛生許可管理工作；承擔消費環節食品狀況調查和監測工作。
　　（四）保健食品與化妝品監督管理處。
　　監督實施保健食品標準、化妝品衛生標準及技術規范；承擔保健食品的注冊管理工作；承擔保健食品、化妝品生產的衛生許可管理工作；承擔保健食品、化妝品狀況調查和監測工作。
　　（五）藥品注冊與監督管理處。
　　監督實施國家藥品標準和中藥品種保護制度；負責藥品、直接接觸藥品的包裝材料和容器、藥用輔料的注冊管理工作；擬訂醫療機構制劑標準、中藥飲片炮制規范并監督實施；監督實施非臨床研究、臨床試驗及中藥材生產、藥品生產、醫療機構制劑配制質量管理規范；承擔藥品生產和醫療機構制劑配制的許可管理工作；承擔麻醉藥品、精神藥品、醫療用毒性藥品、放射性藥品、藥品類易制毒化學品和藥源性興奮劑等監督管理工作；組織開展藥品不良反應監測、藥品再評價和淘汰工作。
　　（六）醫療器械監督管理處。
　　監督實施醫療器械產品的法定標準和分類管理目錄；監督實施醫療器械臨床試驗、生產、經營質量管理規范；承擔醫療器械生產、經營許可的監督工作；組織開展醫療器械不良事件監測的再評價和淘汰工作。
　　（七）稽查處。
　　組織實施消費環節食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理稽查制度，組織查處有關方面的違法行為；指導和監督市、縣有關方面的稽查執法、應急管理和案件查處工作；監督實施藥品經營質量管理規范；承擔藥品生產、經營許可的監督管理工作；組織實施藥品分類管理制度；承擔中藥材市場監管工作；承擔涉及藥品、醫療器械、保健食品廣告的監督管理工作。
　　（八）機關黨委。
　　負責機關黨的建設工作，指導所屬單位的黨群工作。