益陽市食品藥品監督管理局其前身為益陽市藥品監督管理局成立于1999年10月，2001年實行省以下垂直管理，2004年4月更名為益陽市食品藥品監督管理局，2010年12月根據《益陽市辦公室關于印發益陽市食品藥品監督管理局主要職責內設機構和人員編制規定的通知》(益政辦發[2010]44號)精神，益陽市食品藥品監督管理局由省以下垂直管理調整為益陽市工作部門。益陽市食品藥品監督管理局資陽分局、益陽市食品藥品監督管理局赫山分局為益陽市食品藥品監督管理局派出機構，益陽市食品藥品檢驗所為益陽市食品藥品監督管理局直屬管理的副處級事業單位。沅江市、南縣、桃江縣、安化縣的食品藥品監管機構作為同級的工作機構。根據相關法律法規和《益陽市關于大通湖區行政執法有關問題的通知》(益政發[2010]4號)的規定，益陽市食品藥品監督管理局將法律法規規章賦予的行政執法職權依法委托給益陽市大通湖區社會發展局在大通湖區行政轄區行使食品藥品監管職權。