安徽省衛生廳是主管衛生工作的省組成部門，根據《中共中央辦公廳、辦公廳關于印發<安徽省機構改革方案>的通知》（廳字〔2009〕3號）批準設置。
    按照安徽省政府辦公廳《關于印發安徽省衛生廳主要職責內設機構和人員編制規定的通知》（皖政辦〔2009〕99號）規定，省衛生廳機關行政編制為86名。其中：廳長1名、副廳長4名，紀檢組長1名，省中醫藥管理局局長1名（高配副廳級）；處級領導職數27名。
    內設：辦公室、人事處、規劃財務處、政策法規處、衛生應急處理辦公室（突發公共衛生事件應急指揮中心）、 疾病預防控制局（省愛國衛生運動委員會辦公室、省地方病防治領導小組辦公室）、農村衛生管理處、婦幼保健與社區衛生處、醫政與醫療服務監管處、衛生監督處、政策與基本制度處、科技教育處、省中醫藥管理局、外事處、保健處、離退休工作處、機關黨委、省紀委（廳）派駐省衛生廳紀檢組（室）。