根據《中共蘇州市委、蘇州市關于印發〈昆山市機構改革方案〉的通知》（蘇委〔2009〕277號）、《中共昆山市委、昆山市關于印發〈昆山市機構改革實施意見〉的通知》（昆發〔2010〕1號）和蘇州市機構編制委員會《關于同意縣級市食品藥品監督管理局機構設置調整的通知》（蘇編發〔2010〕14號），設立昆山市食品藥品監督管理局，為市政府工作部門，市衛生局合署辦公，正科級建制。
    昆山市食品藥品監督管理局，前身為成立于2001年11月的蘇州市昆山藥品監督管理局；2005年6月，更名為蘇州市昆山食品藥品監督管理局。
    市食品藥品監督管理局與市衛生局合署辦公，其黨務、財務、機構編制、干部人事、辦公室等職責由市衛生局相應科室承擔，因此不再單獨設置。根據市食藥監管局主要職責及工作需要，設置餐飲監管科、保健食品化妝品監管科、藥品綜合監管科、藥品稽查科等4個內設機構。下設1個直屬事業單位：昆山市藥品監督檢驗所。